真道幸路朗是在外务省工作的干练交涉官。在羽田机场，真道所乘坐的客机正准备起飞时，空中出现了神秘的巨大立方体。“那个东西”急速地巨大化，并吞噬了载有252人的客机。巨大立方体的名字是“卡多”。 从卡多当中现身的神秘存在亚哈库依·扎修尼纳，试图与人类进行接触。被卡多吸收的真道，接受了亚哈库依·扎修尼纳与人类之间的调停任务。另一方面，日本政府也将国际交涉官徭沙罗花作为代表送往现场。亚哈库依·扎修尼纳究竟是什么人？而他的目标又是什么？
这是一个关于你自身的故事。你体内的故事——。人的细胞数量，约为37兆2千亿个。细胞们在名为身体的世界中，今天也精神满满、无休无眠地在工作着。运送着氧气的红细胞，与细菌战斗的白细胞……！这里，有着细胞们不为人知的故事。
传说中可实现持有者一切愿望的宝物——圣杯。而为了得到圣杯的仪式就被称为圣杯戦争。 参加圣杯戦争的7名由圣杯选出的魔术师被称为御主（マスター，英文Master），与7名被称为从者（サーヴァント，英文Servant）的使魔订定契约。他们是由圣杯选择的七位英灵，被分为七个职阶，以使魔的身份被召唤出来。 圣杯承认的使用者只有一个，御主（Master）一定得与七种职业的从者（Servant）之一立下契约，证明自己是有资格拥有圣杯的人。
故事发生在一个名为NewWorld Online的大型多人在线虚拟现实游戏中，在友人的推荐之下，从来没有玩过游戏的菜鸟少女梅普露（本渡枫 配音）第一次踏入了游戏世界之中。因为缺乏游戏常识，在最初的技能点分配中，梅普露将所有的技能点都点在了防御上，因此在误打误撞之中成为了无论怎样的攻击也无法给她造成伤害的“肉盾”型角色。 在好友白峰理沙（野口瑠璃子 配音）的陪伴下，梅普露展开了自己的旅程。没有攻击力的梅普露很快就发现，自己在这个世界中，哪怕是一只等级为1的兔子都无法杀死，可同样的，因为她超群的防御力，等级比她高很多的敌人亦无法伤害到她分毫，这样的梅普露意外的成为了队伍之中不可或缺的重要存在。
