真道幸路朗是在外务省工作的干练交涉官。在羽田机场,真道所乘坐的客机正准备起飞时,空中出现了神秘的巨大立方体。“那个东西”急速地巨大化,并吞噬了载有252人的客机。巨大立方体的名字是“卡多”。 从卡多当中现身的神秘存在亚哈库依·扎修尼纳,试图与人类进行接触。被卡多吸收的真道,接受了亚哈库依·扎修尼纳与人类之间的调停任务。另一方面,日本政府也将国际交涉官徭沙罗花作为代表送往现场。亚哈库依·扎修尼纳究竟是什么人?而他的目标又是什么?
漫长的暑假已然过半的8月16日。聚集在学校里的中学三年级学生·长良一行人突然被卷进从未设想过的事态之中。长良本人自不必说,神秘的转校生·希和瑞穗以及朝风等26名同班同学,都随着学校一起在异次元之中漂流。而且他们在漂流的同时也获得了各种各样的“能力”。有因为获得了超越常人的能力而心生欢喜,用能力肆意作乱的人,也有作为领导统帅着学生们,拼死寻找回到原本世界方法的人。相互质疑、无法克制的嫉妒心,还有支配欲引发了对立。接二连三发生的难以解决的事件面前,少年少女们突然被扔进了求生生活之中。长良他们究竟能否攻略这个世界,平安回到原本的世界呢……?
革命历228年,E.U.联盟联军少校蕾拉·玛露卡尔(坂本真绫 配音)和中尉阿基德(入野自由 配音)在巴黎期间化险为夷,将企图绑架吉恩·史麦拉斯将军(石冢运升 配音)的11区日本少年成濑幸也(松冈祯丞 配音)、佐山流(日野聪 配音)和香坂彩乃(日笠阳子 配音)招募到W Zero部队。在另一边的帝国内,信·修加·夏音度(松风雅也 配音)成功篡位,被封为圣米迦勒骑士团的团长,即将迎来和阿基德的宿命重逢。E.U.联盟对成濑等人充满不信任感,时刻密切监视着他们。不久,联盟决意将W Zero部队空投至帝国的腹地华沙执行死亡任务。蕾拉坚持和阿基德以及新加入的三个战士同往,等待他们的是圣米迦勒骑士团的强敌……
动画以被神秘的外星人德拉克特毁灭了几乎所有人类的地球为舞台展开。过去人类为了躲避外星人而藏身的避难所伊克西亚,毁灭之日的记忆被抹去的居民们什么都不知道地过着普通的生活。但是住民中也有一部分的“被选中的人”们,驾驶着名为罗格的巨大机器人与外星人战斗着……