在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。 而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
涅槃重生，武逆乾坤。
进到宝石盒子里的叶罗丽战士们能打破记忆封印吗？浮云楼仙境银行里有什么秘密？被困在镜中世界的金王子，齐娜、菲灵、莫纱、荒石，又会如何呢？火领主自由了吗？辛灵仙子会复活吗？又会发生什么新的奇遇呢？黑衣人到底是谁？女王的真实目的是什么？灵公主为什么囚禁火领主？人类世界会和平吗？
庾晚音穿书到了一本宫斗文，这本书的女主也是穿书进来的，庾晚音为了逆转自己的反派宿命，选择和暴君联手，不料暴君竟然也是穿书进来的。庾晚音希望三个现代人可以放下宫斗，坐在一起斗地主吃火锅。但女主认为自己才是天选之女，依然选择站在庾晚音对立面与男主端王战队，庾晚音不得不展开一系列行动，为了让自己能活下去并帮助大夏避免旱灾危机……
