在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。 而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
被称为第一废物的吴燃在一次战斗重伤中偶然激活乾坤之宝圣魂骰子系统，获得了奇异古怪的神骰技能，解救了小师叔，打败了女修仙者霓纱，但是没有想到女修仙者霓纱对他有了爱慕之心。并且要把吴燃抓回宗门。女修仙者霓纱联合白龙王，一同进攻地球城池，想要获得乾坤之宝。最终，吴燃打败了霓纱，守护地球城池。
