故事开始于明朝，凤三（元华 饰）心肠歹毒，无恶不作，身为锦衣卫，同时又是凤三的师弟，方守正（元彪 饰）发誓要将凤三绳之于法。然而，凤三此人诡计多端，甚至想要偷取能够扭转时空的黑玉佛，借此逃脱法网，几番争斗之后，两人双双跌落山崖。 　　时光荏苒，转眼已是现代，考古队在雪地中挖掘出了凤三和方守正被冰封住的尸体，将两人运往美国研究，然而，途中一场意外却令两人死而复生。方守正于机缘巧合之下遇见了名为阿玉（张曼玉 饰）的不良少女，阴差阳错的成为了她的保镖，而凤三不改奸邪本性，加入了黑社会，继续为非作歹。当方守正得知凤三依旧作恶多端后，他决定继续自己未完成的使命。

　　崇祯十三年，腰窝镇张家酒坊酿制的三和酒名扬天下，武林中盛传三和酒酿制的秘方中隐含着一套高深的武林绝学，谁要是能得到、并练就绝世武功，就可称霸江湖。一时间，江湖高手云集腰窝镇伺机而动，一个小小的腰窝镇顿时波谲云诡杀机四伏，一场正义与邪恶、自私与舍生的较量，像云一样在江湖中漫卷开来。
　　张家酒坊老掌柜的遇害，是腰窝镇波谲云诡的开端。张老掌柜遇害那天，张家酒坊来了一个穿官靴的秃头男人，秃头男人见到张老掌柜，自称是岭南尹海山之子尹嘉川。尹海山与张老掌柜是师兄弟，尹嘉川此行是受父亲临终遗嘱，前来拜见师叔，同时取先师交予张老掌柜保管的另一半秘笈。
　　秘笈刻于金牌之上，是四句藏头隐诗，秘笈的藏匿之处就在四句隐诗隐指的地方，只有将两块金牌合二为一，才能知道秘笈藏匿之地。张老掌柜尊先师遗嘱，没有将金牌交予野心勃勃的尹嘉川，却为自己找来杀身之祸。到底谁是杀害张老掌柜的凶手？张家酒坊少掌柜张玉龙回来的时候，祁管家是凶手就是尹嘉川，因为当时只有尹嘉川来过。
　　张玉龙重孝在身，知府大人赵福仁对于张玉龙缉拿凶手的恳求，以一介书生为由表示无能无力。官府不管，张玉龙决议查出凶手，为父亲报仇。当夜，腰窝镇外名义上以药材生意为生的张仲臣的爱女张馨儿潜入张家酒坊，偷饮张家佳酿时被张玉龙发现。两厢交手，张玉龙和张馨儿不打不相识，从此成为朋友。
　　张玉龙找尹嘉川报仇，张馨儿做见证，尹嘉川拜在张玉龙的剑下，尹嘉川说出面见师叔当天的情形，告诉张玉龙他自己绝非杀害师叔的凶手。就算尹嘉川不是杀父仇人，张玉龙也不想留心存邪念的尹嘉川一条生路。张玉龙回到府邸，细细回忆这些天来腰窝镇发生的事情。在家奴的提醒下，张玉龙推断出杀害家父的仇人应该祁管家。
　　张玉龙的推断一点没错，祁管家受控于知府大人赵福仁，在尹嘉川来都张家酒坊那天无意中得到秘笈，同时飞镖夺去张老掌柜的性命，此时另一块刻有秘笈的金牌就在知府赵福仁手中。凭着张玉龙的聪慧，早已发现四句藏头诗所指。在南山酒窖，张玉龙找到秘笈所在，练就绝世武功，铲除知府赵福仁，带着张馨儿远走天涯。

伦文叙（张卫健 饰）跟柳先开（郭富城 饰）都是誉满全城的才子，由于性格各异常常发生口舌之战。某年他俩一起参加乡试，伦文叙侥幸高中令柳先开深深不忿，誓要与他再分高下。伦文叙其实一点都不喜欢念书，母亲威逼利诱他到了省城的书院上学。柳先开也在同一所书院，两人成了同学。校长向钱汉（吴孟达 饰）贪图钱财，女儿及外甥女程情（周慧敏 饰）也在院内学习。伦文叙跟柳先开共同追求貌美的程情，书院成了他们争斗的地方，闹出笑话连篇。一年一度的校际比赛又来了，面对邻校的嚣张气焰，身为精英的他们誓要能为学院争光。

高家庄少主高朋（刘江 饰）新婚之夜，遭遇仇家白忠堂的袭击。高败逃陈师公家，继而得知神道张三（韦白 饰）武功绝伦，行侠仗义，可为高家庄报仇。高朋暗中观察，见张三安贫乐道，奉母甚亲，于是有意接近，并派出刀客安如命试探其武功。 　　张母逝，高朋出资厚葬，令张三感激备至，于是不惜身家性命甘愿为高家报仇。他和偶然结识的青年侠客青衣（刘松仁 饰）同闯白忠堂，刀光剑影，血流成河。然士为知己者死，张三一腔热血报答高朋，未料却投错了恩主……

　　Deep within the hidden chambers of an ancient Egyptian pyramid, a shocking discovery is made: the mummified remains of an alien shark. Guarding this creature is a vengeful mystic who brings the beast back to life, unleashing it upon a group of unsuspecting researchers.

　　方家两兄弟龙进（陈晓东 饰）和龙就（吴镇宇 饰）自小就在外婆家相依为命，然而，在龙就8岁的时候，他做了一件所有人看来都不可思议和不能原谅的事：小龙就拿了外婆家里的5万块钱，之后失踪了。哥哥的离去一直令到龙进耿耿于怀，其一是因为他拿走了外婆的5万块钱，但更多的是对他不辞而别抛弃自己而不解。
　　一晃数年过去了，龙进已经长大成人，还结交了一个要好的女友Jess（吴佩慈 饰）；另一方面，龙就已是泰国黑帮的一员，还和黑帮兄弟一哥的妹妹阿雪（梁咏琪 饰）相恋了。外婆过世后，龙进终于有机会去解开他多年的心结，于是，他带着Jess踏上前往泰国寻找龙就的航班。

　　香港女特警优秀份子赵丽冰被挑选到汉城参加特别训练，在训练过程中，冰认识李子萍与金玉琪，张教官对三人特别严格；毕业典礼过後冰与琪萍道别，由程正德送到机场返香港，各自忙著自己的工作岗位。冰在香港破获了一宗伪钞案件，其中一名犯人愿意作为污点证人，说出幕後主脑身在韩国。

几名警察抢劫了毒贩的赃物，本想做“盗亦有道”的侠盗，不料深陷混乱，最终不得不为自己的行为付出代价。