自己的阳台栏杆上出现了像被单一样挂在上面的少女，这种非现实的情节出现在了上条当麻的眼前。虽然在这个城市——最先进科学引导的学院都市中，超能力已经可以通过科学技术创造出来，但是眼前这位自称“茵蒂克丝”的少女还是把上条当麻吓了一条。茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀，而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家，上条如往日一般去学校学习，但放学回家，却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中，上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。
从很小的时候起，在母亲的引导和教导下，有马公生（花江夏树 配音）便将成为优秀的钢琴师当做了自己的毕生理想，一路走来，亦斩获了不少佳绩。不幸的是，在11岁那年，有马的母亲去世了，而有马亦再也无法听见自己所演奏的琴声，如此一来，他同自己最初的梦想渐行渐远。 在念初三那年，一位名叫宫园薰（种田梨沙 配音）的女生出现在了有马的身边，薰演奏的乐器是小提琴。很快，有马便被薰身上所散发出来的才情和热情所吸引了。让有马没有想到的是，薰竟然指定有马成为她比赛中的伴奏，在薰的影响下，有马渐渐重燃了对于钢琴的热爱，他和薰之间的距离也因此越来越近。
教会历526年——。世界上有魔女存在，“魔术”也得到普及。然而，世界还并未知晓“魔法”的存在。在这样的时代里，还有着被人们蔑称为“堕兽人”的半人半兽的佣兵。他就这样每日被魔女觊觎着，还梦想着能成为人类，直到某天在森林中遇到的美丽魔女改变了他的命运。“——想变回人类吗？那么佣兵，成为吾辈的护卫吧！”自称为零的魔女说自己的【零之书】——一本一旦使用不当甚至可能毁灭世界的魔法书不知被谁盗走，现正在寻找这本书的旅途中。佣兵以零使用力量帮助他成为人类为条件，接受了成为自己最讨厌的魔女的护卫的要求。围绕着禁断的魔法书，人们的思绪开始纷乱交错……。 高贵的魔女与温柔的兽人所带来的极上幻想剧。
