メジャーリーガーの父（吾郎）を持つ、主人公・茂野大吾と親友の佐藤光、佐倉睦子たちの友情を描いた前作（第１シリーズ）から２年―。小学６年生だった大吾や睦子は、中学２年生の春を迎えていた。姉・いずみも通っていた私立風林中の野球部に進んだ大吾たち。ところが、先輩の多くが抜け、残されたメンバーは個性的な女子ばかり。そこにクセの強い新入生たちもやってきて…。山あり谷ありの中学野球部ライフが幕を開ける！？
本不可能存在的神秘凶恶怪兽·宇宙人们来袭了！ 赛罗、利布特、泰迦、泽塔、爱迪、麦克斯、梦比优斯、葛雷、帕瓦特、格丽乔......还有更多的奥特英雄将共同加入战斗，向震撼全宇宙的令人费解的事件发起挑战。 然而这一切，只不过是从现在开始的大乱斗的序章而已！ 开始浮现的阴谋，交错的故事。暗中活动的黄金巨人的目的究竟是什么？！ 与《泽塔奥特曼》的故事相联结，新的奥特历史开始了！
动画作品《Little Busters! EX》是Key社出品的游戏《Little Busters!》第三度动画化的作品，前两作分别是《Little Busters!》和《Little Busters! ～Refrain～》。动画将涉及原作游戏的追加版《Little Busters! Ecstasy》（リトルバスターズ! エクスタシー）中的剧情。
