随着「雪海」不断扩张，大地几近消失的异世界——人们在巨木「轨道树」的根部和顶部延展出的「天膜」上勉强过着日子。在天膜的少年卡纳与地面的少女莉莉哈相遇之际，改变这即将毁灭的世界的故事就此拉开了帷幕——本作由广受世界各国好评的漫画家贰瓶勉，以及将贰瓶勉的作品高质量动画化的Polygon Pictures联合打造。连载漫画由《兽之奏者》的作画武本系会执笔，电视动画则是由安藤裕章（代表作：《LISTENERS 聆听者》《亚人》）担任导演，描绘了一场宏大的奇幻故事。
这是一个关于你自身的故事。你体内的故事——。人的细胞数量，约为37兆2千亿个。细胞们在名为身体的世界中，今天也精神满满、无休无眠地在工作着。运送着氧气的红细胞，与细菌战斗的白细胞……！这里，有着细胞们不为人知的故事。
传说中可实现持有者一切愿望的宝物——圣杯。而为了得到圣杯的仪式就被称为圣杯戦争。 参加圣杯戦争的7名由圣杯选出的魔术师被称为御主（マスター，英文Master），与7名被称为从者（サーヴァント，英文Servant）的使魔订定契约。他们是由圣杯选择的七位英灵，被分为七个职阶，以使魔的身份被召唤出来。 圣杯承认的使用者只有一个，御主（Master）一定得与七种职业的从者（Servant）之一立下契约，证明自己是有资格拥有圣杯的人。
故事发生在一个名为NewWorld Online的大型多人在线虚拟现实游戏中，在友人的推荐之下，从来没有玩过游戏的菜鸟少女梅普露（本渡枫 配音）第一次踏入了游戏世界之中。因为缺乏游戏常识，在最初的技能点分配中，梅普露将所有的技能点都点在了防御上，因此在误打误撞之中成为了无论怎样的攻击也无法给她造成伤害的“肉盾”型角色。 在好友白峰理沙（野口瑠璃子 配音）的陪伴下，梅普露展开了自己的旅程。没有攻击力的梅普露很快就发现，自己在这个世界中，哪怕是一只等级为1的兔子都无法杀死，可同样的，因为她超群的防御力，等级比她高很多的敌人亦无法伤害到她分毫，这样的梅普露意外的成为了队伍之中不可或缺的重要存在。
3000万年前，黑暗使世界陷入恐惧。 最终光之巨人将黑暗封印到了遥远的宇宙中。 光之巨人也用尽了全力，在红色的星球上陷入长眠。 时光流转，在地球和平同盟TPU紧急组建精英小组“GUTS-SELECT”时，主人公真中剑悟正在刚刚开拓的火星上作为植物学家安稳地生活着。 但是有一天，超古代封印的黑暗突然再次来袭，打破了安稳宁静的生活。 当火星的街道被怪物破坏时，剑悟被命运引导，和沉睡的光之巨人相遇了。 这次相遇会给他和地球带来怎样的影响呢？ 跨越时空苏醒的光之巨人，其名为——特利迦奥特曼。
