主要讲述了喜欢魔术的高中生黑羽快斗，在自己房间内一道隐藏的门后的密室里发现了世界闻名的大盗怪盗基德的服装。之后，身着怪盗基德服装的快斗遇见了父亲——世界知名的魔术家黑羽盗一以前的助手寺井黄之助，从他的口中得知自己的父亲正是怪盗基德，而且他并非死于意外，而是被人暗杀。为了找出杀害父亲的人，快斗决定以第二代怪盗基德的身份开始着手调查父亲真正死因。在以怪盗基德的身份活动的某日，快斗与称呼自己为“黑羽盗一”的神秘组织相遇，而该组织正是他的杀父仇人，故事也由此正式拉开帷幕。
动画作品《Little Busters! EX》是Key社出品的游戏《Little Busters!》第三度动画化的作品，前两作分别是《Little Busters!》和《Little Busters! ～Refrain～》。动画将涉及原作游戏的追加版《Little Busters! Ecstasy》（リトルバスターズ! エクスタシー）中的剧情。
来自HAPPY星的外星人章鱼哔，目的是在地球散播 HAPPY 。然而出师不利，一来到地球他就差点饿死，此时救了他一命的是平凡的少女小静。然而章鱼哔发现，小静却始终没有笑容。为了让小静找回遗失的笑容，章鱼哔努力奔走，然而小静所处的环境却是远超乎章鱼哔所能想象的严苛，在这样的情况下，章鱼哔究竟犯下了什么样的大罪……？
