神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
故事发生在历史架空的多元宇宙世界，通过仙道十门之一的羽化门展开。羽化门麾下的大离王朝是一个拥有几十亿人口的人类王朝，每年都会向羽化门进贡宝物和人才，而经过羽化门训教出来的道人以及炼制的法宝，则是玄幻世界的关键所在。
上古时期妖兽纵横，一位神秘道人分别授予了阴阳五行的特殊能力给金木水火土五个家族来抵抗妖兽，他们将妖兽驱赶到神隐雾山之中，设立结界。 雾山之中另有被封印于巨阙神盾之中的具有强大灵力的麒麟兽，常常吸引来那些想要提升妖力突破结界的妖兽。火行使者闻人翊悬为救其母私自打开了巨阙神盾，小麒麟趁机偷溜出来，妖兽界将掀起一 股腥风血雨......
水神娘娘守护着运河，但苦海龙王对她手中的宝图觊觎已久，终于有一天苦海龙王和水神娘娘对阵，这是恰逢水神娘娘的孩子出生，她只好牺牲了自己把孩子水宝藏在了贝壳里。水宝被一个好心的单身汉收养，养父临死前告诉了水宝他的身世，长大后的水宝跟着小伙伴一起踏上了旅程，最终给母亲复仇，守护了运河。
从一个灵气枯竭的末法时代，来到了武道昌盛的世界，诡异死亡的灵种，危机四伏的局面，让处于深渊的王昊何去何从？
