随着和平的到来而走向近代化的木叶忍者村。高楼林立，巨大显示屏中播放出影像，连结各区域的电车在村里奔驰。虽说是忍者村，但一般民众也增多，忍者的生存方式也在逐渐改变的这个时代—— 村子的领袖，第七代火影·漩涡鸣人的儿子慕留人，进入了培育忍者的学校“忍者学校”。周围的学生们带着“火影的儿子”这样偏见的目光看待慕留人，但慕留人凭借天生的破天荒性格将这种小事轻松越过！ 慕留人与新的伙伴相遇，他将如何挑战突然发生的神秘事件？ 在众人心中如疾风般狂奔的“漩涡慕留人”的物语，现在开始！！
第3季故事将讲述在神殿担任见习青衣巫女的梅茵和她的朋友路兹、姊姊多莉与孤儿院的孩子们一同制作了儿童版圣典绘本，对于书籍热情越来越高的梅茵，决定挑战下一个目标「活版印刷」。 梅茵强大的魔力和丰富知识也让贵族们发现了她的利用价值，以及对梅茵怀恨在心的贵族，也纷纷暗地里瞄准梅茵。为了安全起见，安排了一名护卫骑士保护梅茵，更在神官长斐迪南命令下，梅茵成为了贵族卡斯泰德的养女。 与此同时，梅茵的家族中也有了新生命的诞生，梅茵因而成为姊姊，加上梅茵侍从之一的戴莉雅，和遗弃在孤儿院有着身蚀的戴尔克……梅茵想守护的人事物越来越多，瞄准着她的恶魔之手也步步逼近，梅茵究竟会发生什么！？
原島拓也、時村和樹和須賀沼大三名少年机缘巧合地获得了神奇的宝石パワーストーン，并唤醒了勇者机器人ドラン。而ワルザック共和帝国的第一王子ワルター则为了自己的野心而对三人发动了攻击，于是少年们的战斗就这么开始了。
吾郎想在圣秀建立一个棒球社打败海堂，但是圣秀高中从几年才从女校改成男女合校，所以学校男生人数根本不到十个，在吾郎好说歹说下，大家终於愿意加入棒球社，在吾郎的爸爸茂野的训练下，打算在3年级时参加比赛，但在一次因缘际会下，球队监督连络到了海堂的2军，於是他们之间开始了一场练习赛，江头在比赛中故意指使一个球员踩伤吾郎的脚，害的吾郎在县内比赛开始时以负伤的情况参加，一路努力终於打到了县内决赛，圣秀V.S海堂，但因为吾郎的伤势，在经过长时间的延长赛后，吾郎也因为体力不支最后以投手犯规，海堂获胜结束了比赛，比赛后江头也因为命人踩伤吾郎的事情被发现而被革职。
