天和公司董事长之子梁家晋与梁家邦原本兄弟情深，二公子梁家晋看似风流不羁，实则善良正义；其兄梁家邦表面沉稳成熟，暗中却与黑帮勾结做着非法生意。父亲意外遇刺身亡，大哥神秘失踪，失窃国宝交易现场，各方势力纷纷登场，爱国志士、护宝人、黑帮大佬、日本势力……在这片鱼龙混杂之地，一场血雨腥风就此拉开序幕。
故事发生在二十世纪三十年代的民国，山西一个偏远的小山村。村里的保长为了趋炎附势，把自己的女儿嫁给了县长的儿子，并从女儿口中辗转得知了一条旱涝保收的消息：在村里建个“李忆莲祠堂”，就可以获得县里拨发的巨额救济粮和银元。虽然不太明白县里的意思，但是贪财的保长立马勾搭了村里的族长，开始筹谋这桩买卖。
影片背景设置在11世纪的波斯，一位英国人为了学习医术掩盖其天主教徒的身体，加入了伊斯巴罕一所只招收犹太人的医学院。他治随的老师名叫阿维森纳，是历史上著名的犹太科学家、思想家和医生。阿维森纳的著作达200多种，最著名的有《哲学、科学大全》，在当时是高水平的百科全书；另一部巨著是《医典》，直到17世纪西方国家还视为医学经典，至今仍有参考价值。《神医》结合史诗与虚构，展现了在那个被愚昧和迷信统治的世纪里一群人探索真知的无畏精神。
