《战国BASARA》中活跃的武将们，在现代高中再次展开了激烈的战斗：前任学生会长“丰臣秀吉”遭到停学处分，学园内群雄割据，为争夺新会长之位成为乱世。足球社的王牌“真田幸村”、棒球部的王牌“伊达政宗”，高呼着团结就是力量的“德川家康”，矢志打倒家康的“石田三成”等人纷纷参战——这个混乱的学园，还会有明天吗？
湘北高中的一年级新生樱木花道在初中就有了被50个女孩抛弃的“悲惨”经历，最后一个女孩抛弃他原来是看上了篮球部队小田，由此樱木对篮球更是深恶痛绝。进入高中后，樱木看上了美少女赤木晴子，晴子十分热爱篮球，为了赢取晴子的芳心，樱木决定加入篮球部。在侥幸赢得与篮球队队长赤木刚宪的打赌后，樱木顺利加入了篮球队。随着国中篮球联赛的最有价值球员流川枫的到来、伤愈复出的控位宫城良田以及误入歧途的前国中最有价值球员三井寿的回归，去年不堪一击的湘北篮球今年可谓人强马壮，虽然问题少年一大帮，但是在队长赤木刚宪的带领下，这一群以全国第一为目标的篮球少年正朝着自己的梦想进发！
