舞台是象征理性的「青之世界」,然而正在遭受由本能支配的「红之世界」的生命体NightflyO’Note的袭击与侵略。17岁的主人公麻黄Akira就职为青之世界研究员,随后因为能力出众而被提拔为最前线的战斗指挥官,受命负责横跨石垣岛和西表岛而构成的对位相外防卫机关,通称「琉球LAG」。在那里她遇见了在第五战斗单元经过激战而全军覆灭之后,于四年前成立的第六战斗单元「IS」的学生们。主人公作为教官,率领着又称「Scared Rider Xechs」的6名骑手(Rider),共同浴血奋战,应对来自异世界的攻击和威胁。在这样的生活中,他们的友情也在逐渐加深。
所谓 PET 称的是有着改变他人记忆的超能力少年,他们被黑社会管理操控来替黑社会达成不可告人的目的,而这群「PET」的领袖为了拯救自己的同伴居然从黑社会手里逃走了。 人类的记忆很多但是高兴的记忆堆在山上,不愉快的记忆则是放在谷底,而正是在这山谷起伏之间一个人才能够得以存在。 能够修改他人记忆的「PET」们自身凭借自己的记忆建立起的超越家人的信赖关系,很多时候记忆是会骗人的甚至是自欺欺人,我们自己也会不经意间修正不喜欢的记忆,至少让自己觉得这些记忆好看一些。
故事讲述无聊的神明们制作了一个终极益智游戏《诸神的游戏》,从冰里长眠3000年,热爱游戏的前神明少女レオレーシェ苏醒后做出宣言,「带上这个时代最会玩的人!」,而被指名的フェイ是备受期待成为「近年最强的新人」的使徒,两人共同挑战难度极大且还没有人类能完全攻略的《诸神的游戏》。 天才游戏少年、前神明少女与伙伴们就此展开和至高神明的终极脑力大战!