时间已经过去了七年,外星怪兽已经冲破了禁区封锁,拓展到世界各地。人类不再处于地球食物链的顶端,不得不为生存而挣扎。为了保护美国的利益,很多士兵被派往了国外与外星怪兽作战,但取得这场战争的胜利希望渺茫。 诺亚是一名老兵,他新接到一项命令:深入怪兽的核心区去解救一名困在那里的美国大兵,然而这项任务遭遇意外,诺亚的通讯和运输都被切断,队友只剩下一个刚刚从军校毕业、毫无实战经验的小鬼——并且他的兄弟还是诺亚...
1990年,一艘巨大的飞船出现在地球上空,人们惶恐不安,却又分外好奇。经过一段时间紧张的等待,外星飞船始终没有动静。人类终于小心翼翼靠近它,强行走进舱内,结果发现了不计其数的外星人。他们形容丑陋,宛如虾子,而且健康状况极差,虚弱无力。原来这是一群来自外星的难民,他们最终被地球人接纳,并隔离在南非约翰内斯堡的一片区域内生活,此地名为“第九区”。经过长达20年的繁衍,外星难民的数量扩张至180万之多,且和周边人类的矛盾冲突不断,越来越多的人类呼吁将“大虾”赶出地球。 MNU(列国同盟组织)经过磋商,决定将外星难民迁移到更为偏远的区域。MNU外星事务部门的特工威库斯(Sharlto Copley 饰)专门负责搬迁工作。威库斯在动员过程中傲慢随意,与当地居民冲突频频。最终,他为自己的行为付出代价,外星人的神秘流体将其感染,威库斯慢慢变成了外星人的模样……