美国国防部前雇员声称存在一个秘密政府项目，该项目已调查并隐瞒了外星智慧的证据长达80多年。
一项革命性的人类基因研究计划，为预防疾病与犯罪带来了莫大帮助，身为研究员的一份子，希欧多不但致力于生命的发展与延续，还有个能预知他人死亡的特殊能力。不过这次他的能力却阴错阳差害死了自己的女友安娜，内疚不已的希欧多以悲伤度日，直到一个月过去，安娜竟又活生生地出现在他面前？
约翰的父亲弗兰克(丹尼斯?奎德 Dennis Quaid 饰)死于30年前一次救火行动中。一次，翻看父亲的遗物时，约翰(詹姆斯?卡维泽 James Caviezel 饰)发现了30年前父亲使用过的一台老式无线电。在随手翻拨频段的时候，他竟然和一名年轻叫弗兰克的男子搭上了线。经过整夜长谈，约翰确定时空发生了错乱，这个弗兰克正是自己30年前的父亲。 约翰兴奋异常，顺利帮助父亲躲过了30年前的那场灾难。当他一觉醒来，惊讶地发现了相框中白发苍苍的父亲，他知道自己成功了。然而让人意想不到的是，历史一切都改写。约翰的拯救了父亲，而他的母亲却死于了多年前的一起连环杀人案。当约翰通过无线电再次联系30年前的父亲，意图让父亲阻止母亲被杀时，父亲却又意外成了嫌疑犯！
故事发生在1978年，12岁的男孩大卫（乔伊·克莱默 Joey Cramer 饰）在意外之中坠入山谷，失去了意识。醒来后，大卫回到了家，却发现眼前的一切已经物是人非，原来此时的时间已经来到了1986年，这也就意味着，12岁的大卫需要面对的，是八年后的未来世界，在大卫昏迷期间，究竟发生了什么？ 大卫好不容易找到了失散的家人，当初比他小四岁的弟弟杰夫（Matt Adler 饰）如今已经长成了大男孩，而大卫却还是12岁的模样。之后，一艘外太空飞行物降落地球，而它的存在和大卫遇到的难解之谜有着千丝万缕的关联。于是，太空总署找到了大卫，希望他能够协助调查此事。
尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）重回矩阵：在这里，一个是矩阵创造出来，周而复始的日常世界，另一个则是隐藏其后，真实的人类世界。为了弄清楚自己所处的“现实”究竟是真是假，尼奥不得不再次做出选择……
